Bogăţia floristică a zonei este impresionantă, aici întâlnindu-se numeroase specii balcanice, mediteraneene şi submediteraneene (liliac, scumpie, mojdrea, carpiniţa). Vegetaţia este foarte bogată în specii de arbori, arbuşti, plante ierbacee, unele fiind terţiare sau postglaciare.
Să spunem că aici se găsesc cele mai frumoase exemplare de alun turcesc din România ( peste 22 m înălţime şi 50 cm diametru). Pe versanţii însoriţi, unde căldura reţinută de stâncării este maximă, pe lângă liliac, carpiniţa, întâlnim cornul (Cornus mas), oţetarul (Rus sp). În bazinul Beuşniţa vegetează fagetele bănăţene, vestigii ale vegetaţiei postglaciare. În flora ierbacee întâlnim arboreta cu importanţă remarcabilă şi o funcţie istorică şi cognitivă, conţinând un imens tezaur informatic şi ştiinţific. Multe specii de plante sunt rarităţi sau unicate în flora României: Asplenium anopteris, Parietaria serbice, Cerastium bulgaricum, viscaria atropurpurea, Silena trineruia, Silena italica, Dianuthus giganteiformis. Farmecul şi importanţa ştiinţifică a vegetaţiei forestiere bănăţene, însolitul ei proverbial, ineditul constau în răspândirea pe mari suprafeţe a numeroase asociaţii vegetale relictare. Trebuie menţinute în stare nealterată pădurile din Cheile Nerei, unde ele au o valoare climatică, de modelare a reliefului, de păstrare a biodiversităţii ca depozitară a unui ecofond şi geofond, ca martor al istoriei Pământului, cu valenţe estetice, sanogene şi recreativ-deconectante.
Pe întreaga suprafaţă a Rezervaţiei Cheile Nerei-Beuşniţa, administratorul (Ocolul Silvic Sasca Montană) respectă regimul strict de protecţie, nefăcându-se nici un fel de exploatare a resurselor regenerabile: lemn, pietriş, tuf calcaros. Nu se vânează şi nu se pescuieşte. Activităţile antropice sunt restrictive: nu se fac repopulari sau plantări ale golurilor de fond silvic. Singurele plantări s-au făcut în urmă cu aproximativ 20 de ani, pe marginea drumului spre cantonul lui Damian şi în Lunca Nerei, cu nuc negru American, pe areale restrânse. Întreaga zonă nu a cunoscut, în ultimii ani, incendii, poluări masive, degradări ale ecosistemelor pe cale antropică. Degradările datorate factorilor naturali sunt sporadice şi ele se datorează mai ales violenţei vântului Coşava, înregistrându-se doborâturi chiar şi de arbori seculari. Datorită deflaţiei s-a produs dezgolirea versanţilor abrupţi şi au fost favorizate egrohotişurile de la baza abrupturilor calcaroase din Cheile Nerei şi pe versantul Nordic al culmii Pleşiva.
